Le modèle économique d’une entreprise à but d’emploi (EBE) reste un objet de l’expérimentation. En effet, on ne peut tirer de conclusions trop hâtives tant que les effectifs d’une EBE ne sont pas stabilisés et l’exhaustivité atteinte à l’échelle du territoire. Les enseignements seront donc tirés sur le long terme. Par ailleurs, le modèle économique d’une EBE dépend de ses supports d’activité et de leur nature (prestations, production, mise à disposition de personnel…), il est donc difficile de parler de modèle économique unique.

La majorité des charges d’une EBE réside dans sa masse salariale. Comme pour toute entreprise, les produits et services de l’EBE génèrent un chiffre d’affaires. En fonction de ses besoins, l’EBE est également subventionnée pour couvrir partiellement leurs charges liées à la production de nombreux emplois supplémentaires.